Stephen Jay Gould propôs uma abordagem dividindo o mundo da filosofia no que ele chamou de "magistérios não sobrepostos". Nessa visão, as questões do sobrenatural, tais como as relacionadas com a existência e a natureza de Deus, são não-empíricas e estão no domínio próprio da teologia. Os métodos da ciência devem ser utilizadas para responder a qualquer questão empírica sobre o mundo natural, e a teologia deve ser usada para responder perguntas sobre o propósito e o valor moral. Nessa visão, a percepção de falta de qualquer passo empírico do magistério do sobrenatural para eventos naturais faz da ciência o único ator no mundo natural.
Outro ponto de vista, exposto por Richard Dawkins, é que a existência de Deus é uma questão empírica, com o fundamento de que "um universo com um deus seria um tipo completamente diferente de um universo sem deus, e poderia ser uma diferença científica ".
Carl Sagan argumentou que a doutrina de um Criador do Universo era difícil de provar ou rejeitar e que a única descoberta científica concebível que poderia trazer desafio seria um universo infinitamente antigo
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